Né à Los Angeles le 5 janvier 1967, Joe Flanigan déménage dans un petit ranch dans la ville retirée de Reno, dans le Nevada alors qu'il n'avait que 6 ans. Il rentre alors à l'école d'Ojai, en Californie, et plus tard, il reçoit une maîtrise d'Histoire de l'Université du Colorado. Il passe ensuite une année à Paris, où il va occuper le poste de journaliste. L'année suivante, il retourne aux Etats-Unis où il décide d'étudier le métier d'acteur à la très célébre " Neighbourhood Playhouse " située à New York.
En 1994, il retourne dans sa ville natale, Los Angeles, et débute sa carrière d'acteur en jouant aux côtés de Jacqueline Smith dans une mini-serie de la chaîne NBC, intitulée en version originale "Family Album". Il a ensuite eu des règles plus réguliers dans des séries comme " Sisters " ou encore " Profiler " et obtient quelques rôles en tant qu'invité dans plusieurs autres séries telles " Birds Of Prey ", " Judging Amy " ou encore " Murphy Brown " où il interpréta le rôle de Scott.
Il fait ensuite plusieurs apparitions et réapparitions dans " Providence", " CSI : Miami " et " Dawson's Creek" ainsi que " Tru Calling ". Il est aussi à l'affiche d'un tout nouveau film réalisé par Breck Eisner, intitulé " Thought Crimes ".
Dans la série Stargate Atlantis, Joe interprête le rôle du courageux et désobéissant Lt Colonel John Sheppard qui devient membre de l'expédition d'Atlantis quand Weir découvre qu'il est capable d'accéder à la technologie des Anciens et ce car il possède le gène en question.
Ajoutons à ce talentueux parcours la passion exceptionnelle de Joe pour le ski, qu'il pratique depuis de nombreuses années, mais aussi le surf et l'escalade. Il ne faut pas oublier que Joe ne se sépare de son skate. Il l'emmène partout.
Aujourd'hui, il habite à Vancouver avec sa femme et ses 3 enfants.
